全自動氣相色譜儀在實際工作中要分析的樣品往往是復雜基體中的多組分混合物，對含有未知組分的樣品，必須將其分離，然后才能對有關組分進行進一步的分析。混合物的分離是基于組分的物理化學性質的差異，GC主要是利用物質的沸點及吸附性質的差異來實現混合物的分離。待分析樣品在汽化室汽化后被惰性氣體（即載氣，一般是N2、He等）帶入色譜柱，柱內含有液體或固體固定相，由于樣品中各組分的沸點或吸附性能不同，每種組分都傾向于在流動相和固定相之間形成分配或吸附平衡。
當過溫至約為操作溫度時，通過觀察溫度指示燈和加熱指示燈，逐漸將溫度控制旋鈕調至合適位置。如果采用分步遞進定位法，先將溫控旋鈕朝升溫方向轉動一個角度，則儀器開始升溫，指示燈亮;當溫度達到某一溫度基本穩定時，再向相同方向轉動旋鈕，讓儀器溫度繼續上升;反復按此方法進行溫度的遞進調節，直至達到所需要的工作溫度。
全自動氣相色譜儀的基本構造：
1．氣相色譜儀的基本構造有兩部分，即分析單元和顯示單元。前者主要包括氣源及控制計量裝置﹑進樣裝置﹑恒溫器和色譜柱。后者主要包括檢定器和自動記錄儀。色譜柱（包括固定相）和檢定器是氣相色譜儀的核心部件。
2．載氣系統氣相色譜儀中的氣路是一個載氣連續運行的密閉管路系統。整個載氣系統要求載氣純凈、密閉性好、流速穩定及流速測量準確。
3．進樣系統進樣就是把氣體或液體樣品速而定量地加到色譜柱上端。
4．分離系統分離系統的核心是色譜柱，它的作用是將多組分樣品分離為單個組分。色譜柱分為填充柱和毛細管柱兩類。
5．檢測系統檢測器的作用是把被色譜柱分離的樣品組分根據其特性和含量轉化成電信號，經放大后，由記錄儀記錄成色譜圖。
6．信號記錄或微機數據處理系統近年來氣相色譜儀主要采用色譜數據處理機。色譜數據處理機可打印記錄色譜圖，并能在同一張記錄紙上打印出處理后的結果，如保留時間、被測組分質量分數等。
7．溫度控制系統用于控制和測量色譜柱、檢測器、氣化室溫度，是氣相色譜儀的重要組成部分。
